Este pterosaurio tenía un conjunto inusual de dientes, similares a las barbas de algunas ballenas. Es casi seguro que usaron estos dientes para comer pequeños peces, crustaceos o organismos acuáticos, de forma parecida a un flamenco come camarones en salmuera. como los flamencos obtinen su tono rosado de su dieta, el Pterodaustro podría haber sido tambien demasiado rosado.